Küçük Anne, annesinin çocukluğunun geçtiği eve gitiiğinde, bir ağaç ev yapmakla uğraşan bir kızla tanışan Nelly'nin yaşadıklarını konu ediyor.
Sekiz yaşında bir çocuk olan Nelly (Joséphine Sanz), çok sevdiği büyükannesini kaybeder. Bu durumun ardından Nelly, annesinin çocukluk evini temizlemesine yardım etmek için büyükannesinin ormanın yakınlarında olan evine gider. Bu sırada Nelly çevredeki ormanda gezerken, annesinin çocukken oynadığı ağaç evi keşfeder. Annesinin bir anda gittiği sırada Nelly, ağaç ev yapmakla uğraşan bir kız olan Marion (Gabrielle Sanz) ile tanışır.
Ne ahlak ne de sevgi gökten dünyaya indi
İnsanlık istedi keşfetti hepsini
Dün doğmuş bir bebeğe bile girebilen mikrop misali
İçimizde hem kötü var hem iyi