Dizide köyden kaçan Zeyno'nun Memoli ile karşılaşıp birlikte yaşadığı maceralar anlatılmaktadır. Meltem Cumbul diziden 2001 yılnda ayrılmıştır. Onun yerine Memoli´nin görev arkadaşı olarak Katerina Moutsatsos diziye katılmıştır. Reyting rekorları kıran dizi 90. bölümü ile ekranlara veda etmiştir.

Osman Yağmurdereli'nin yapımcılığını yaptığı dizide Komiser Memoli (Memet Ali Alabora) başarılı bir polistir. Karanlık çetelerin ve mafya'nın birçok işini bozduğundan çok düşmanı vardır. Memoli'nin oğlu Can, mafya tarafından öldürülmüştür. Bunun üzerine Memoli hayata küser ve sadece işine odaklanır. O günden sonra kötü adamların kâbusu olur.

Zeyno, yani Zeynep (Meltem Cumbul), köyden kanlısı Erkan'ı (Emre Kınay) bulmak için şehre gelmiş ve yardım etmesi için Memoli'yi bulmuştur. Memoli ve ailesi bir dönem Zeyno'nun köyünde yaşamışlardır. Zeyno, Memoli'yi bulduktan sonra o da bu maceranın içinde yer alacaktır. Kanlısı Erkan, Hasan Ağa'nın yeğenidir. Hasan Ağa ise büyük bir mafya patronudur.

Kral, yani Sinan (Çetin Tekindor), kendisine öldü süsü vererek ortadan kaybolmuş, ama işleri gizliden gizliye yönetmektedir. Dizideki en gizemli ve büyük mafya patronudur. Dizide en ilgi çeken ve sıradışı olan konudur.

Bu arada Hasan Ağa'nın da mal varlığı yeğeni Erkan'a kalmıştır. Ancak Kürşat (Tunca Aydoğan) ve Gülsüm (Neriman Uğur), Erkan'dan ve Komiser Memoli'den bir an önce kurtulmayı istemektedir.

Macera bu şekilde gelişir. Yılan Hikâyesi, yayınlandığı dönemde en çok izlenen dizilerden biri olmuştur.

Dizinin ortalarında Meltem Cumbul, diziden ayrılmıştır. Bunun üzerine Yunan oyuncu Katerina Moutsatsos, Eleni rolü ile diziye katılmıştır.