Timur, 20’li yaşlarına geldiğinde Semerkand Bölgesi Hanlar arasındaki mücadelelere ve iç karışıklıklar sahne oluyordu. Doğu Türkistan bölgesinde hâkimiyet kurmuş olan Moğol Hükümdarı Tuğlak Timur, bölgedeki karışıklıklara son vermek için Semerkand’a girdiğinde Timur, boyunun reisi olarak kendisine bağlılığını bildirdi. Tuğlak Timur, bölgedeki karışıklıklara son verip oğlu İlyas Hoca’yı Maveraünnehir’e Vali tayin etti ve Timur’u İlyas Hoca’nın atabeyi yaptı. İlyas Hoca Semerkand’ı zulüm ve baskıyla yönetmekteydi. Babası’nın Moğol Hükümdarı olması onu daha da pervasızca hareket etmeye sevk ediyordu. Atabey Timur, Vali İlyas Hoca’nın halk üzerinde uyguladığı zulümlere göz yummadı. Maveraünnehir emirlerinden Hüseyin ile ittifak kurdular ve bölgedeki Moğol Hâkimiyetine meydan okuyarak Horasan’a girdiler. Timur, bu hamlesi ile Moğol Hükümdarı Tuğlak Timur’a bağlılığını ortadan kaldırmış ve isyan etmiş oluyordu. Zira artık Moğol Hükümdarına bağlı bir Atabey olmakla yetinmeyecektir ve Timur Devletinin temellerini atmaya teşebbüs etmiştir.