Ankara'da ilk Büyük Millet Meclisinin açılışından hemen sonra, Atatürk, milli bir ordunun kurulması ve vatanın düşmandan temizlenmiş yolunda çalışmalara başlamış, bu amaçla Batı Cephesi Komutanlığını kurmuştur. Atatürk bu cepheyi denetlemek üzere, bir heyetle 6 Ağustos 1920 de Afyon'a, buradan da Kütahya ve Eskişehir'e gelmiş, dönüşte, 28 Ağustos 1920 de yine Afyon'a uğramıştır. Kurtuluş Savaşı'nda, Büyük zafer'den üç gün önce, 27 Ağustos 1922 günü Afyon'daki Karargahına gelmiş Büyük Zafer'e kadar çalışmaları buradan idare etmiştir. Atatürk, Büyük Zaferden ve Cumhuriyetin ilanından sonra 9 kez daha Afyon'a gelmiş, bu gelişlerinde Karargahta gecelediği günlerin anıların tazelemiş ve Karargahını ziyaret etmiştir.

Afyon-Atatürk Karargahı, bugün Afyon'da Hükümet Konağı karşısında, Şehir Parkıyla Atatürk Anıtının yanındadır. Bina, 1913 yılında belediye olarak yaptırılmıştır. İki katlıdır. Kemerli bir kapıdan geniş bir salona girilir. Salona açılan sağ baştaki oda, Zafer Odası olarak düzenlenmiştir. Odada, Atatürk'ün kullandığı 1 masa, 3 koltuk, 3 kanepe, 3 sandalye, 2 sehpa, avize ve perdeler bulunmaktadır. Duvarlarda, Atatürk'ü Kocatepe'de gösteren yağlıboya tablo, Zaferle ilgili fotoğraflar asılıdır. Masa üzerinde bir Atatürk büstü vardır.

Atatürk Karargahı, 1935 yılına kadar Belediye Dairesi olarak kullanıldıktan sonra, kiraya verilmiş, 1963 yılında Afyon Emniyet Müdürlüğüne devredilmiştir.